本中心前身為臺北市立教育大學「中小學校長培育及專業發展中心」，於九十二年十月成立。一百零二年八月一日臺北市立教育大學與臺北體育學院合併，更名為「校長培育暨學校夥伴協作中心」，負責校長培育與學校夥伴協作相關事宜；一零四學年度基於任務編組，納於教育行政與評鑑研究所，其下更名為「校長中心」。

一、九十學年度臺北市政府教育局委託本校(原臺北市立教育大學)辦理國民小學校長培育班，培育十二名國民小學校長，開國內校長 培育制度之先河。

二、九十二學年度接受臺北市政府教育局委託，辦理第二屆國民小學校長培育班，招收學員二十一名。

三、九十二年十月二日教育部以台中(二)字第0920130829號函，核准成立「中小學校長培育及專業發展中心」。

四、九十二年本校教育行政與評鑑研究所劉春榮教授擔任「中小學校長培育及專業發展中心」首任主任。

五、九十八學年度受臺北市政府教育局委辦「臺北市政府教育局初任校長導入發展與訓練方案」。本校教育行政與評鑑研究所王保進教授擔任「中小學校長培育及專業發展中心」第二任主任。

六、一零二年本校師資培育暨職涯發展中心趙曉美副教授擔任「校長培育暨學校夥伴協作中心」首任主任。

七、一零四學年度本校教育行政與評鑑研究所黃旭鈞所長擔任「校長中心主任」。

八、一零八學年度本校教育行政與評鑑研究所何希慧所長擔任「校長中心主任」。